工程签证审计应该按照真实性、合规性、合理性、准确性顺序进行审核，这样有利于审计人员去伪存真，提高审计效率，降低审计风险。主要从以下四个方面着手：
（1）是否符合工程签证的管理程序和批准权限。a.建设单位相关人员是否全部签字，有无越权签批；b.签证有无建设方、施工方和监理单位三方单位盖章，印章是否伪造；c.复印件与原件是否一致。
（2）签证内容是否与实际发生相符。a.对签证中的工程量，审核时应到现场丈量并计算核实；b.材料价格的确认；c.补充项目的认定。
（3）签证的计量计价是否与合同有关条款约定相符合。
（4）签证的合理性。